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地区不同，胃也不同？
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克氏原螯虾（Procambarus clarkii），俗名淡水小龙虾、小龙虾等，是一种适应能力和繁殖力较强的淡水经济虾类，目前已成为我国重要的养殖种类之一。克氏原螯虾的养殖方式主要有稻田养殖、池塘主养、池塘混养、藕塘套养等，其中，稻田养殖占比最大，是克氏原螯虾养殖的主要生产方式。
稻虾综合种养模式(稻田养虾)是一种集农业和养殖业于一体的高效人工生态系统，在这一生态系统中，微生物驱动着整个生态系统的物质循环和能量流动，在生态系统中氮、磷、硫和碳等要素的循环和利用中起到至关重要的作用，同时微生物群落组成与水质状况紧密相关。此外，由于水产动物生活于水中且消化道短，其消化道中的菌群结构易受环境的影响，水质的变化也会对水产动物的肠道微生物产生一定的影响。肠道微生物在水产动物的生长发育过程中起着非常重要的作用，既能参与机体自身营养物质的消化吸收，同时也可以调节肠道环境。肠道菌群平衡有利于宿主健康，从而促进其生长发育。越来越多的证据表明，肠道菌群平衡可能受到外界环境的影响。
目前我国的稻虾综合种养存在地区差异，养殖主产区的湖北产量高、效益好，而位于南方的广东，克氏原螯虾养殖面临繁殖率和成活率低等问题，制约着该地区克氏原螯虾产业的发展。研究不同地区稻虾养殖系统内微生物区系的多样性和功能，探究微生物在克氏原螯虾养殖中的作用，有可能为改进养殖策略提供新的思路。
本研究利用 Illumina MiSeq 高通量测序技术来研究不同地区稻田养殖克氏原螯虾肠道、养殖水体和底泥微生物组成和多样性，分析其与环境因子的相互作用，以期为不同地区克氏原螯虾健康养殖及养殖环境调控、不同环境下克氏原螯虾肠道微生物生理学研究提供基础数据和参考。
讨论
稻虾综合种养系统中微生物的多样性
本研究结果表明，水体、底泥和克氏原螯虾肠道的微生物区系组成存在一定的重叠，说明肠道微生物与养殖环境微生物相关。此外，同一地区肠道微生物区系与养殖环境微生物区系的共有OTUs数目较低，而水体和底泥的共有OTUs数目较高，说明水体与底泥的细菌群落组成更为相似，而克氏原螯虾肠道中的微生物群落与养殖系统中水体和底泥中的微生物群落存在一定差异。同时，对比武汉、永州和韶关地区三类样品发现，韶关地区的样品中OTUs单独富集的细菌菌群数量相对较少，也从侧面说明了韶关地区微生物种类偏少，可能缺乏某种(或几种)和克氏原螯虾生长有关的微生物，下一步可以尝试在韶关地区养殖克氏原螯虾时定向培养特定微生物，通过增加微生物的多样性来提高养殖产量。
不同地区稻虾综合种养系统中环境和肠道微生物的差异
在本研究中，变形菌门是所有样品中最占优势的菌门。变形菌门是甲壳类水生无脊椎动物肠道微生物的优势种，在生理、形态和遗传学上具有很高的多样性，是肠道菌群失调的标志微生物。武汉组水体和底泥的变形菌门均高于永州组和韶关组，也从侧面说明武汉地区更适宜克氏原螯虾养殖。此外，所有克氏原螯虾样品肠道微生物区系均检测出了厚壁菌门，且是优势菌门。武汉组水体中Candidatus_Aquiluna和多核杆菌属细菌相对丰度显著高于韶关组，而韶关组水体中Sphaerospermopsis_BCCUSP55、玫瑰单胞菌属和Pseudanabaena_PCC-7429属细菌相对丰度显著高于武汉组和永州组。
研究表明，多核杆菌属广泛分布在土壤及腐败的有机物中，易在枯草浸汁中繁殖，可利用蛋白质、多种糖类及淀粉，这对稻田养殖中的克氏原螯虾生长非常有利；而玫瑰单胞菌属、Sphaerospermopsis_BCCUSP55和Pseudanabaena_PCC-7429多为水体蓝藻暴发的主要微生物。
在华南地区开展稻田养殖克氏原螯虾时，可以定向培养水体中多核杆菌属的细菌，而要控制玫瑰单胞菌属等蓝细菌门的微生物。Dechloromonas属细菌具有反硝化功能，是反硝化聚磷菌，永州地区底泥中 Dechloromonas 属细菌相对丰度显著高于韶关地区和武汉地区，这可能是导致永州水体中磷酸盐和总磷含量较低而底泥中磷酸盐和总磷含量较高的原因。
微生物群落与环境因子的关系
水质变化会影响水体微生物的群落组成。水生动物消化道短且长期生活在水中，其肠道微生物区系除了受宿主自身影响外，还与外界环境因子紧密相关。水生生物肠道细菌群落和水质有很大的关系，水体中不同因子对不同水产动物肠道菌群的影响不同。本研究中水体 PO43−-P、CODcr和 NO2− -N 对不同地区克氏原螯虾肠道微生物区系影响较大，与前人研究结果一致。本研究中，不同地区水体营养盐均存在差异，推测不同地区克氏原螯虾肠道微生物结构的差异可能与其适应各自的生活环境有关。
稻虾综合种养模式(稻田养虾)是一种集农业和养殖业于一体的高效人工生态系统，在这一生态系统中，微生物驱动着整个生态系统的物质循环和能量流动，在生态系统中氮、磷、硫和碳等要素的循环和利用中起到至关重要的作用，同时微生物群落组成与水质状况紧密相关。此外，由于水产动物生活于水中且消化道短，其消化道中的菌群结构易受环境的影响，水质的变化也会对水产动物的肠道微生物产生一定的影响。肠道微生物在水产动物的生长发育过程中起着非常重要的作用，既能参与机体自身营养物质的消化吸收，同时也可以调节肠道环境。肠道菌群平衡有利于宿主健康，从而促进其生长发育。越来越多的证据表明，肠道菌群平衡可能受到外界环境的影响。
目前我国的稻虾综合种养存在地区差异，养殖主产区的湖北产量高、效益好，而位于南方的广东，克氏原螯虾养殖面临繁殖率和成活率低等问题，制约着该地区克氏原螯虾产业的发展。研究不同地区稻虾养殖系统内微生物区系的多样性和功能，探究微生物在克氏原螯虾养殖中的作用，有可能为改进养殖策略提供新的思路。
本研究利用 Illumina MiSeq 高通量测序技术来研究不同地区稻田养殖克氏原螯虾肠道、养殖水体和底泥微生物组成和多样性，分析其与环境因子的相互作用，以期为不同地区克氏原螯虾健康养殖及养殖环境调控、不同环境下克氏原螯虾肠道微生物生理学研究提供基础数据和参考。
讨论
稻虾综合种养系统中微生物的多样性
本研究结果表明，水体、底泥和克氏原螯虾肠道的微生物区系组成存在一定的重叠，说明肠道微生物与养殖环境微生物相关。此外，同一地区肠道微生物区系与养殖环境微生物区系的共有OTUs数目较低，而水体和底泥的共有OTUs数目较高，说明水体与底泥的细菌群落组成更为相似，而克氏原螯虾肠道中的微生物群落与养殖系统中水体和底泥中的微生物群落存在一定差异。同时，对比武汉、永州和韶关地区三类样品发现，韶关地区的样品中OTUs单独富集的细菌菌群数量相对较少，也从侧面说明了韶关地区微生物种类偏少，可能缺乏某种(或几种)和克氏原螯虾生长有关的微生物，下一步可以尝试在韶关地区养殖克氏原螯虾时定向培养特定微生物，通过增加微生物的多样性来提高养殖产量。
不同地区稻虾综合种养系统中环境和肠道微生物的差异
在本研究中，变形菌门是所有样品中最占优势的菌门。变形菌门是甲壳类水生无脊椎动物肠道微生物的优势种，在生理、形态和遗传学上具有很高的多样性，是肠道菌群失调的标志微生物。武汉组水体和底泥的变形菌门均高于永州组和韶关组，也从侧面说明武汉地区更适宜克氏原螯虾养殖。此外，所有克氏原螯虾样品肠道微生物区系均检测出了厚壁菌门，且是优势菌门。武汉组水体中Candidatus_Aquiluna和多核杆菌属细菌相对丰度显著高于韶关组，而韶关组水体中Sphaerospermopsis_BCCUSP55、玫瑰单胞菌属和Pseudanabaena_PCC-7429属细菌相对丰度显著高于武汉组和永州组。
研究表明，多核杆菌属广泛分布在土壤及腐败的有机物中，易在枯草浸汁中繁殖，可利用蛋白质、多种糖类及淀粉，这对稻田养殖中的克氏原螯虾生长非常有利；而玫瑰单胞菌属、Sphaerospermopsis_BCCUSP55和Pseudanabaena_PCC-7429多为水体蓝藻暴发的主要微生物。
在华南地区开展稻田养殖克氏原螯虾时，可以定向培养水体中多核杆菌属的细菌，而要控制玫瑰单胞菌属等蓝细菌门的微生物。Dechloromonas属细菌具有反硝化功能，是反硝化聚磷菌，永州地区底泥中 Dechloromonas 属细菌相对丰度显著高于韶关地区和武汉地区，这可能是导致永州水体中磷酸盐和总磷含量较低而底泥中磷酸盐和总磷含量较高的原因。
微生物群落与环境因子的关系
水质变化会影响水体微生物的群落组成。水生动物消化道短且长期生活在水中，其肠道微生物区系除了受宿主自身影响外，还与外界环境因子紧密相关。水生生物肠道细菌群落和水质有很大的关系，水体中不同因子对不同水产动物肠道菌群的影响不同。本研究中水体 PO43−-P、CODcr和 NO2− -N 对不同地区克氏原螯虾肠道微生物区系影响较大，与前人研究结果一致。本研究中，不同地区水体营养盐均存在差异，推测不同地区克氏原螯虾肠道微生物结构的差异可能与其适应各自的生活环境有关。
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